Film saga
Sur la « Contre-Terre », une planète ressemblant en tout point à la Terre, le Maître de l'évolution, un généticien obsédé par la création d'une société utopique, récupère un cobaye raton laveur, 89P13, pour lui faire subir des expériences chirurgicales afin de lui donner la capacité de communiquer et de résoudre des calculs complexes. Enfermé avec d'autres animaux (le « Pack 89 »), 89P13 fait la connaissance d'une loutre nommée Lylla, d'un morse nommé Moustache et d'un lapin nommé Sol, ayant eux aussi subi des expériences par le Maître. Ils se lient d'amitié et 89P13 se trouve un nom, Rocket. Quelques années plus tard, après avoir découvert que Rocket a compris la faille dans le processus d'évolution instantanée d'une espèce animale vers un être anthropomorphique créé par le Maître (le « Pack 90 »), ce dernier décide d'incinérer tous les autres anciens cobaye du Pack 89 qu'il estime désormais inutiles maintenant que le Pack 90 fonctionne, et de garder uniquement Rocket (dont l'intelligence semble dépasser la sienne) afin d'extraire et d'étudier son cerveau pour ses futures expériences. Après avoir tenté de s'échapper et de libérer ses amis, le Maître tue Lylla sous les yeux de Rocket. Enragé, il mutile le visage du Maître mais peu après, Moustache et Sol sont tués par des gardes du Maître dans le feu de l'action. Rocket, désemparé, s'enfuit à bord d'un vaisseau.
De nos jours, quelque temps après avoir célébré Noël en compagnie de Kevin Bacon, les Gardiens de la Galaxie continuent de veiller sur l'astéroïde Knowhere, leur nouveau QG. Une nuit, ils sont violemment attaqués par Adam Warlock, qui tente de kidnapper Rocket. Après un violent combat contre l'équipe, Nébula réussit à chasser Warlock de Knowhere, affaibli, après l'avoir poignardé. Malheureusement Rocket est grièvement blessé à la poitrine, ce qui oblige Peter Quill, Nébula, Groot, Drax et Mantis, avec un Rocket mourant, à partir sur une station spatiale bioformée, « l'Orgoscope », le siège social d'OrgoCorp, la société d'où proviennent les éléments qui composent un coupe-circuit au niveau du cœur de Rocket (issus de ses nombreuses chirurgies). Le coupe-circuit, très fragile, pourrait le tuer instantanément si les Gardiens l'opéraient sans le contourner grâce à un code d’accès. Kraglin et Cosmo restent pour veiller sur Knowhere.
Pendant ce temps, la prêtresse Ayesha, dirigeante des Souverains et mère de Warlock, se rend sur la Contre-Terre, sur laquelle vivent désormais les animaux anthropomorphes du Pack 90 créés par le Maître de l'évolution. Ce dernier s'avère être également le créateur de la race des Souverains et de nombreuses autres civilisations à travers l'univers, qui le considèrent donc comme un dieu. Ayesha exprime son inquiétude envers son créateur, pour avoir sorti Warlock de son cocon trop tôt, ce qui l'a rendu immature et sans la pleine maîtrise de sa puissance. Le Maître ordonne alors à Warlock et Ayesha de récupérer à tout prix Rocket (dont il veut toujours le cerveau pour « améliorer » les êtres vivants qu'il crée) sinon il anéantira les Souverains. Ayesha, quant à elle, souhaite toujours, elle aussi, se venger des Gardiens pour le vol des batteries Anulax sur sa planète.
En orbite autour de l'Orgoscope, les Gardiens sont interceptés par les Ravageurs, dont Gamora (étant une Variante venant de 2014, après le casse temporel des Avengers) qui en fait désormais partie. Avec son aide, ils infiltrent l'Orgoscope pour récupérer la capsule qui contient le dossier médical de Rocket. Ils sont vite découverts et attaqués par les gardes de l'Orgoscope, les « Orgosentinelles », mais réussissent à s'échapper à temps. Dans le Bowie, le vaisseau spatial de l'équipe, les Gardiens découvrent que le dossier a été modifié et que le code qui pourrait contourner le coupe-circuit et sauver Rocket a été enregistré dans un appareil cybernétique qui est greffé sur le crâne de Theel, l'un des enregistreurs du Maître. Malgré le piège évident, les Gardiens se rendent alors sur la Contre-Terre.
Alors qu'Ayesha a capturé un Ravageur et son animal, Blurp, pour qu'il lui révèle l'emplacement de Rocket, Warlock le désintègre délibérément. Ayesha, exaspérée par l'immaturité de son fils, réussit tout de même à intercepter un message de Gamora adressés aux Ravageurs, leur indiquant leurs coordonnées. Ils se rendent alors immédiatement sur la Contre-Terre, tandis que Warlock décide de garder Blurp en animal de compagnie.
Sur la Contre-Terre, Quill, Nébula et Groot se rendent au QG du Maître, les laboratoires Arête, tandis que Mantis et Drax restent en retrait et Gamora veille sur Rocket dans le Bowie. Dans le QG, le Maître capture Quill et Groot et envoie une de ses créatures mutantes, War Pig, récupérer Rocket. Alors que Gamora essaie de s'enfuir avec Rocket, Warlock arrive et élimine War Pig car il doit aussi empêcher l'extermination des Souverains. Alors que Quill et Groot combattent les gardes du Maître, ce dernier décide de lancer le décollage de son QG (qui s'avère être un immense vaisseau) et de détruire la Contre-Terre, car il doit la rebâtir afin d'améliorer les nouveaux habitants. Nébula, Drax et Mantis se rendent sur le vaisseau pour tenter de sauver Groot et Quill, mais à leur insu, les deux ont sauté du vaisseau avec Theel. Warlock sent que sa mère est en danger, mais arrive trop tard pour la sauver, alors qu'elle meurt dans l'explosion de la Contre-Terre. Quill et Groot réussissent à récupérer l'appareil. Alors qu'il est au bord de la mort, Rocket revoit Lylla et ses amis dans l'au-delà, mais elle lui annonce que ce n'est pas encore l'heure pour lui de mourir. Le code contourne le coupe-circuit et Rocket peut être soigné.
Dans le vaisseau du Maître, Drax, Mantis et Nébula contactent Quill et découvrent qu'il s'est échappé et que Rocket est vivant. Ils découvrent également des enfants emprisonnés dans le vaisseau. Le trio est alors capturé et emprisonné avec des Abilisks. Mantis est alors capable de communiquer avec eux, de les apaiser et de s'échapper avec eux. L'astéroïde Knowhere, piloté par Kraglin, arrive en renfort et se positionne à côté du vaisseau du Maître. En utilisant la télékinésie de Cosmo, ils rapprochent le vaisseau du Maître de Knowhere, pour permettre ainsi aux enfants emprisonnés de rejoindre l'astéroïde. Pendant ce temps, les scientifiques du Maître se retournent contre lui à cause de son obsession maladive pour Rocket, ce qui l'oblige à tous les éliminer. Rocket découvre d'autres cobayes ratons laveurs et d'autres animaux emprisonnés dans le vaisseau. Tout en essayant de les libérer, Rocket est attaqué par le Maître, fou de rage, mais il réussit à prendre le dessus sur lui. Puis le Maître est alors attaqué tour à tour par le reste des Gardiens. Gamora retire le masque prothétique du Maître, qui révèle son visage défiguré par Rocket. Ce dernier décide finalement de ne pas le tuer. Les Gardiens sauvent le reste des animaux mais Cosmo se fatigue à force de tenir le vaisseau et lâche prise. Le vaisseau du Maître est alors détruit par la suite. Warlock, qui s'est entretemps rangé du côté des Gardiens, réussit à sauver Quill de la mort, alors qu'il commençait à dériver dans l'espace après l'explosion du vaisseau.
Quelque temps après, Gamora retourne chez les Ravageurs et reçoit un accueil triomphal. Sur Knowhere, l'équipe des Gardiens de la Galaxie se dissout : Quill décide de retourner sur Terre pour retrouver son grand-père et rattraper le temps perdu. Mantis décide de quitter elle aussi l'équipe et part en compagnie des Abilisks. Nébula demande à Drax de rester avec elle sur Knowhere afin de l'aider à élever les enfants secourus.
Plus tard, Rocket découvre le baladeur MP3 que lui a offert Quill juste avant son départ. Tous les habitants de Knowhere commencent alors à danser pour fêter la victoire des Gardiens.
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