Film saga
Aujourd'hui, à Lagos, au Nigeria, les Avengers essaient de neutraliser un commando de mercenaires dirigé par Brock Rumlow (alias Crossbones, un vieil ennemi de Captain America), en train d'attaquer un institut pour maladies infectieuses (Institute For Infectious Diseases en anglais). Rumlow s'empare d'une arme biologique et la confie à l'un de ses équipiers. Les mercenaires tentent de s'échapper, mais sont rattrapés par les Avengers. Rumlow préfère rester pour combattre Captain America. Après le combat, Rumlow distrait Rogers en lui parlant de Bucky Barnes pour tenter de déclencher une ceinture d'explosifs qu'il porte en cachette. Afin d'empêcher que Rumlow ne mette des civils en danger, Wanda Maximoff crée un champ de force autour de lui et l'envoie dans les airs ; mais elle perd le contrôle du champ de force, et l'explosion se répand près d'un immeuble et provoque la mort de nombreux civils.
Aux États-Unis, Tony Stark se présente à une conférence du MIT pour annoncer à de jeunes étudiants que la Fondation Septembre (dont Pepper Potts est la présidente) leur accorde à tous sa première bourse, mais pense de plus en plus à ses défunts parents qui lui manquent et à Pepper qui est en froid avec lui. Il croise alors une femme venue le confronter à ses responsabilités : elle avait un fils que les Avengers n'ont pas pu sauver lors de la bataille contre Ultron en Sokovie.
Un mois après les événements de Lagos, les médias annoncent que onze citoyens du Wakanda, un petit État africain, figurent au nombre des victimes de l'affrontement entre les Avengers et les mercenaires. Le Général Thaddeus Ross, devenu Secrétaire d'État des États-Unis, vient avec Tony Stark au QG des Avengers leur montrer les victimes collatérales des événements de New York, de Washington, D.C., de Sokovie et de Lagos. Depuis quatre ans, les Avengers ont opéré sans aucun contrôle, ce que les gouvernements du monde ne peuvent plus tolérer. Ross annonce qu'une solution a été trouvée en la forme des Accords de Sokovie, texte approuvé par 117 nations et qui énonce que, désormais, les Avengers ne seront plus une organisation privée et n'interviendront dans un conflit que sous le contrôle d'un comité des Nations unies et uniquement lorsque ce comité l'aura jugé nécessaire. Tony Stark, James Rhodes, Vision et Natasha Romanoff acceptent de se soumettre, estimant qu'ils doivent accepter certaines limites ; Wanda Maximoff hésite tandis que Steve Rogers et Sam Wilson refusent, considérant que les personnalités politiques des Nations unies n'utiliseront les Avengers que pour servir leurs intérêts. La tension monte au sein de l'équipe, et Captain America met fin à la réunion lorsqu'il apprend que Peggy Carter, son amour de jeunesse, vient de mourir dans son sommeil.
Pendant ce temps, à Cleveland dans l'Ohio, un mystérieux individu, dénommé Helmut Zemo, assassine un ancien membre d'HYDRA afin de récupérer des dossiers cachés, notamment le code permettant d'activer le conditionnement du Soldat de l'Hiver.
Pendant que Steve Rogers assiste aux obsèques de Peggy Carter à Londres et passe un peu de temps avec sa nièce Sharon Carter (qui s'avère être l'agent chargé de sa surveillance lorsqu'il habitait à Washington, D.C.), le roi du Wakanda, T'Chaka, et son fils le prince T'Challa, se présentent à une assemblée à l'Office des Nations unies à Vienne, où les représentants des 117 nations doivent ratifier les Accords de Sokovie. Pendant la réunion, une bombe explose et le roi T'Chaka est tué. Le suspect filmé en train de s'enfuir est identifié comme étant Bucky Barnes ; le prince T'Challa jure de le retrouver et de venger son père.
Steve Rogers décide de retrouver Barnes avec l'aide de Sam Wilson. Sharon Carter (qui travaille pour la CIA depuis l'effondrement du SHIELD) lui annonce que la cachette du Soldat de l'Hiver a été découverte et qu'il va être rapidement éliminé. Rogers et Wilson prennent de vitesse une unité des forces spéciales allemandes et attendent Barnes dans son repaire de Bucarest. À son arrivée, Rogers l'interroge et Barnes lui jure qu'il n'a pas commis l'attentat ; convaincus, Rogers et Wilson l'aident à s'enfuir. À ce moment, le prince T'Challa, sous le costume de Black Panther, constitué d'une armure en vibranium, essaie de tuer Barnes. Après un violent combat et une course-poursuite, les forces spéciales, appuyées par War Machine, les forcent à se rendre. Rogers, Wilson, Barnes et T'Challa sont conduits dans le Centre antiterroriste de Berlin, qui est dirigé par Everett Ross, commissaire exécutif à l'antiterrorisme. Ils y retrouvent Stark qui, de plus en plus excédé, leur intime de signer les accords sous peine d'être déclarés hors-la-loi. Rogers refuse en apprenant que Stark fait retenir Wanda Maximoff prisonnière sous la surveillance de Vision sur ordre du Secrétaire Ross, parce qu'il se méfie de la puissance de ses pouvoirs télékinétiques.
Dans sa cellule, Barnes est interrogé par Helmut Zemo qui a usurpé l'identité d'un psychiatre après l'avoir assassiné, dans le but de pouvoir approcher le Soldat de l'Hiver. Zemo déclenche le conditionnement de Barnes pour obtenir des informations, dont le compte rendu d'une ancienne mission datant de 1991. Zemo ordonne ensuite à Barnes de se libérer et de massacrer le plus d'agents possible dans sa fuite. Alors que Rogers, Wilson, Stark, T'Challa, Romanoff et l'agent Carter tentent de neutraliser Barnes, Zemo s'enfuit. Rogers parvient finalement à empêcher Bucky de s'enfuir en hélicoptère ; tous deux tombent dans un fleuve et Barnes, dans la chute, se cogne et perd connaissance.
Barnes se réveille dans un hangar désaffecté et découvre que son bras métallique est coincé dans un étau. Il avoue à Rogers et Wilson qu'il a révélé à Zemo que d'autres soldats de l'hiver demeurent congelés dans la base sibérienne d'HYDRA, et qu'ils pourraient causer une dévastation sans précédent. Tous devinent que Zemo veut se constituer une armée de tueurs ultimes, et comprennent qu'ils vont avoir besoin de renforts.
Dans le même temps, Stark et Romanoff se portent volontaires pour capturer Rogers, Wilson et Barnes, et décident d'engager des recrues. Romanoff persuade le prince T'Challa de se joindre à eux, et Stark se rend dans le Queens pour recruter un jeune lycéen nommé Peter Parker, dont il surveille les activités super-héroïques depuis quelque temps. Celui-ci a en effet obtenu six mois auparavant, des pouvoirs extraordinaires semblables à ceux d'une araignée, décuplant sa force, son agilité et ses réflexes. S'ajoutent à leur équipe James Rhodes, alias War Machine, et Vision. De son côté, Rogers convainc Clint Barton de les rejoindre et d'amener avec lui Wanda Maximoff, ce qu'il réalise non sans peine en la soustrayant à la garde de Vision. Wilson contacte quant à lui Scott Lang, alias Ant-Man, qu'il a rencontré pendant sa dernière mission.
Rogers, Wilson, Barnes, Barton, Maximoff et Lang se retrouvent à l'aéroport de Leipzig/Halle pour voler un hélicoptère et se rendre en Sibérie, lorsque Iron Man, War Machine, Romanoff, Vision, le prince T'Challa et Spider-Man s'interposent et leur demandent de se livrer. Un affrontement éclate. Rogers et Barnes parviennent à prendre la fuite dans le Quinjet des Avengers grâce à l'aide soudaine de Natasha Romanoff. Ils laissent derrière eux leurs partenaires les couvrir et se faire capturer. Un tir manqué de Vision endommage l'armure de War Machine en plein vol. Il s'écrase après une chute de plusieurs centaines de mètres. À l'hôpital, les médecins annoncent que War Machine risque d'être paralysé. Wilson, Barton, Maximoff et Lang sont enfermés au Raft, une prison submersible de haute sécurité.
Stark est alors contacté par FRIDAY, sa nouvelle assistante numérique, qui lui annonce que la police de Berlin vient de découvrir le cadavre du psychiatre qui devait interroger Barnes. La police a également trouvé un masque du visage de Barnes. Stark comprend que Barnes est innocent et, après investigations, découvre que le coupable est le colonel Helmut Zemo, commandant l'unité EKO Scorpion, un bataillon occulte des tueurs sokoviens. Pendant ce temps en Sibérie, Zemo arrive à l'ancienne base abandonnée où se trouvent les Soldats de l'Hiver congelés, et remet les systèmes du complexe en activité.
Stark s'entretient avec Wilson au Raft, et admet qu'il s'est peut-être trompé ; il le supplie de révéler où sont allés Rogers et Barnes. Wilson finit par évoquer l'ancienne base de Sibérie. Stark décide de s'y rendre sans prévenir Ross, suivi en cachette par le prince T'Challa.
Rogers et Barnes arrivent à leur tour à la base abandonnée. Stark atterrit juste après et leur présente ses excuses. Ils explorent la base pour arrêter Zemo avant qu'il ne réveille les Soldats de l'Hiver, et sont surpris de constater qu'il les a exécutés dans leur sommeil. Zemo explique alors que son seul but était de détruire les Avengers de l'intérieur. Il révèle grâce à une vidéo datant du 16 décembre 1991, que Barnes a tué Howard et Maria Stark pour récupérer les poches de sérum d'Erskine qu'ils transportaient. Rogers, après avoir avoué qu'il était au courant, essaie de calmer Stark en expliquant que Barnes était sous un état de conditionnement lors des faits, mais Stark perd toute retenue et essaie de tuer Barnes. Les trois en viennent à se battre.
Alors que Zemo sort de la base, satisfait d'avoir déclenché une guerre entre les Avengers, T'Challa, qui a assisté à toute la scène, lui demande pourquoi il hait tant les Avengers. Zemo révèle être guidé par une simple vengeance car sa femme, son fils et son père, qui vivaient en Sokovie, ont été tués par les retombées des débris provoqués par les Avengers pendant la bataille contre Ultron. Zemo essaie de se tirer une balle dans la tête pour en finir, mais T'Challa l'en empêche et le fait prisonnier.
Après un long et épuisant combat, Rogers et Barnes parviennent à venir à bout de Stark et le laissent à terre, blessé, et son armure lourdement endommagée, après que celui-ci a tout de même détruit le bras métallique de Barnes et également blessé Captain America. Tandis que Rogers et Barnes fuient, Stark, ivre de rage, crie à Rogers que c'est son père qui lui a donné son bouclier, qu'il ne le mérite pas et qu'il ne lui appartient plus. Rogers lâche alors son bouclier et part avec Barnes, laissant Stark seul et amer.
Zemo, satisfait, son but étant partiellement atteint, finit dans un centre de détention. Stark rentre à la base des Avengers aider Rhodes à faire de la rééducation pour remarcher grâce à un appareil de sa conception. Il reçoit une lettre de Rogers lui expliquant que, même s'ils sont en désaccord, il répondra présent si le monde a besoin des Avengers, la lettre étant accompagnée d'un vieux téléphone portable à clapet. Au même moment, Rogers s'introduit au Raft et se rend devant la cellule de Wilson.
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